Hovedbygningen på Markerud er en murbygning oppført tidlig på 1800-tallet. Bygningen er i halvannen etasje. Planen er strengt symetrisk med et sentralt trapperom og like rom til hver side for dette. Trapperommet har en spesiell utforming med frittstående søyler. Svært mange av bygningsdetaljene er bevart i sin opprinnelige form. Bygningen har også en sokkeletasje der kjøkkenet tidligere lå. På 1880-tallet fikk huset et tilbygg i sveitserstil. Hovedbygningen ble fredet allerede i 1923.

Bygningen har hatt svært store skader på konstruksjonene pga av sopp og råteangrep. I 2006 ble restaureringsarbeidene satt i gang og fikk etter hvert preg av en redningsaksjon da det viste seg at to av fasadene var i ferd med å rase ut. Restaureringen foregår etter antikvariske prinsipper og i nært samarbeid med antikvariske myndigheter. Norsk Institutt for Kulturminneforskning (NIKU) har foretatt fargeundersøkelser og det er funnet flere lag med interessante tapeter fra ca. 1830 og fram til 1920-tallet.